Föroreningskontroll i L-metylfolatingrediensen är viktig eftersom föroreningar kan minska den biologiska aktiviteten, öka toxiciteten och påverka den kliniska effekten av L-metylfolat. JK12A är en oxidativ förorening av L-metylfolat. De senaste fynden visade att JK12A negativt påverkade tillväxten av zebrafiskembryon och förändrade både hjärtfrekvensen och överlevnadshastigheten på ett dosberoende sätt.
Magnafolat är för närvarande det strängaste råmaterialet för föroreningskontroll i L-metylfolat, känt som det renaste L-metylfolatet på planeten.